Eso depende de lo que hayan puesto en tu horario no regular. Se suelen poner unos minutos semanales a la formación, el resto se reparte en claustros, consejos (si se pertenece), actividades extraescolares y complementarias, reuniones de ETCP (si se pertenece), asistencia a las sesiones de evaluación, etc.
Entonces claro, se supone que hay que formarse. En mi centro no nos piden que lo justifiquemos, aunque sí lo incluimos en el Plan de Formación del Profesorado.
Como te han comentado, todavía estás a tiempo de hacer algún curso presencial u on-line. Si no puede ser, pues coméntalo con el Equipo Directivo, me resultaría muy extraño que te fueran a penalizar por eso. Además, por lo que he visto en lo poco que llevo en la Jefatura, no sé si las faltas en el horario no regular se pueden meter