Por lo visto no te lo pagan si se te ha pasado.
No tiene carácter retroactivo.
Otra cosa es que estés cubriendo una sustitucion y te lo reconozcan porque lo hayas solicitado y te lo pagan todo al finalizar el curso. Así sí, pero si lo solicitas, te lo reconocen y han pasado 1 mes, 2 meses,..etc que hiciste tú sexenio, no te los pagan.
Creo que eso ya ha cambiado este año. Aunque lo solicites más tarde te lo pagan desde que lo cumples. De todas formas yo cumplí mi segundo sexenio el 1 de enero, lo solicité en septiembre y hasta el 1 de febrero no me lo tramitaron.
Saludos.