Concursaré desde mi definitiva. Mi pregunta es: estando de definitivo por EF en primaria, puedo pedir destino en institutos para impartir en el primer ciclo de la ESO?

es que para opositar en instituto hay que ser licenciado, y tu eres diplomada.
Por otro lado los PT, y AL, si puede trabajar en secundaria, en toda etapa, pq está así legislado, el resto de especialidades no.
En la actualidad, un maestro diplomado, si puede trabajar en secundaria, cuando sustituye a un maestro de antaño, que ha cogido la baja, y que está en el primer ciclo de secundaria; pero esas situaciones son a extinguir, mientras estén esos maestros en activo en secundaria, un maestro sustituto si puede coger su plaza ( en sustitución del titular), pero cuando se jubile el titular, la plaza vacante irá destinada a un licenciado, puesto que la ley vigente, no permite trabajar a maestros en secundaria, salvo los PT, AL, o maestros en comisión de servicios ( que igual acogiéndote a eso), podrías trabajar en secundaria; pero no serías definitiva en secundaria, sino temporal, y en la parte de comisión de servicios, ayudando como si fueras PT, o AL.
Lo digo pq mi cuñada es maestra con plza en primaria, y hace 4 años, trabajó en secundaria con alumnos de diversidad, pero para ello tuvo que coger comisión de servicio. Actualmente el pasado año, la mandaron al colegio, pq ya lo de comisión de servicios no se pudo acoger. Aún así esto es temporal, pq tu plaza está en un colegio; otra cosa es que hagas PT , AL, y puedas conseguir pedir destino en secundaria, como maestra de diversidad por PT, pero no por maestra de ed. fisica.
saludos.