No sé muy bien si eso queda recogido en alguna normativa o qué, pero visto desde la lógica, la programación debería hacerse al inicio de curso. Yo nunca he estado desde el principio de curso y cuando he llegado a sustituir la he encontrado hecha. Algo diferente es que conforme vas currando, se modifiquen algunas cosas, de ahí que la programación sea abierta y flexible.
Además, la programación anual se supone que es un documento en el que se recogen aspectos generales (perfil del alumnado, recursos disponibles, objetivos generales...) y el inicio del curso eso debe quedar plasmado. Luego, en base a ello, lo adaptas a cada alumno concreto mediante las programaciones individuales.
Espero haberte ayudado