Pues a no ser que tu sustitución se hubiera convertido en vacante en el mes de junio por jubilación o algo así... no te tendría por qué aparecer el periodo de liquidación del mes de junio hasta finales de julio.
TAMPOCO.
La fecha de la nómica en Séneca NO se corresponde con el período de liquidación, sino con el mes en que se emite la nómina.
En el caso que dices, vendría TODO JUNTO (en retrasos) pero en una sóla nómina.
AHORA tiene que venir la nómina de Junio, aunque sea para cobrar otro período (en tu caso sería el mes de Mayo, vrás que está TODO en "Atrasos").