pero mi jefa de estudios me ha dicho que si no voy, tengo que pedirme la baja mañana

Efectivamente, tienes que pedir la baja, pero esta baja surte efecto desde el primer día que has faltado.
Los días "sin penalización" te los tienen que dar por reposo y no pueden ser más de tres seguidos. Como has faltado esos tres días y te tienen que dar baja, ya serán cinco...
Saludos y pronta mejoría.