Deberia seguir de baja pero como suelen hacer las cosas a veces mal pues a saber. Lo justo y correcto es que continue de baja aunque sea por otra causa.
No puedes continuar de baja si el motivo de la operación es diferente al que causó la baja, por ejemplo estoy de baja por un esguince y luego me operan de apendicitis, es imposible ya que son motivos diferentes.
En tu caso tienes dos opciones, hablar con la persona a la que sustituyes para que cause alta y baja el mismo dia (se puede hacer perfectamente) o llamar a delegación al órgano de personal y explicarles tu caso, normalmente te suelen dejar en el mismo puesto.